Sekolah St. Thomas adalah usaha impian untuk seorang Keralite muda yang menetap di sebuah bandar perindustrian India Utara Bahadurgarh. Ditanggung oleh keterbatasan bekerja di bawah pengurusan dan terputus-putus antara memberi peluang kepada mereka yang bernasib baik berbanding mereka yang layak, Encik N. Thomaskutty, anak sulung guru yang bangga dengan profesion mereka memutuskan untuk memulakan sekolah berdasarkan cita-cita Kristiannya. Walaupun keputusan untuk memulakan STS nampaknya merupakan reaksi impulsif, lama kelamaan ia terbukti adalah kehendak Tuhan yang bekerja.
Sekolah ini mempunyai permulaan yang sangat sederhana pada 6 April 1995 di rumah Prof. D.B. Malik.